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 　　“共聚焦显微镜”之所以被称为“共聚焦”，是因为其物镜既用于照明样品，也用于采集图像。“扫描共聚焦显微镜”中“扫描”指的是样品的成像方式为把图像分为像素点阵，通过扫描的方式对各个点分别照明采集，然后重新组合构成图像。由于物镜的聚焦面很薄(小至0.5微米)，实际成像的光学切片非常薄。在此聚焦面之外的图像并不会进入探测器。Z方向上的扫描可以通过提高或降低聚焦面来进行。这些层状图片可以通过计算机来合成三维的结构。